厚労省、農水省は、平成19年度予算概算要求をまとめた。
厚労省は、「健康食品の安全性の確保等」に対前年比133％増の1.4億円を計上した。予算の内訳は、健康被害事例に対応する事例検討会の開催、安全性確認のための試験検査実施、特別用途食品制度の見直しなど。平成18年度は「アガリクス問題」の際に試験検査を行ったが、これまではそうした費用が計上されていなかったため、大幅増となったという。また、「残留農薬等ポジティブリスト制度の円滑な実施」に7.1億円を充当。758品目の基準値の見直しや、分析法の開発・摂取量の調査を計画的に実施するためだ。ほかに「『働き盛りの健康安心プラン』～メタボリックシンドローム（内臓脂肪症候群）対策の推進～」に156億円を計上している。
農水省は「新食品・新素材の創出のための研究開発の推進と実用化に向けた研究開発支援」のうち、「アグリ・ゲノム研究の総合的な推進のうち新需要の創出に向けた研究推進」に10億円、「食品素材の名のスケール加工及び評価技術の開発」に3億円を充てた。なお、新食品・新素材の商品化にあたりさらに研究開発が必要な場合は、「先端技術を活用した農林水産研究高度化事業」などの研究開発の女性・委託事業において優先配慮を行うとしている。その他、食品の不適正表示の改善など「消費者の信頼性確保対策」に23億円、「食育の推進」に89億円を計上した。
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